안녕하세요. 이유순캡틴입니다.
법인카드 결제와 세금계산서 발행이 제각각 진행된 경우,
담당자분의 입장에서는 중복이니 번거로울 수 있어요.
그럴 경우에는 세금계산서를 우선으로 보고 신고하시는 게 맞습니다.

세금 계산서가 발행된 금액을 '카드'라는 지불수단으로 지급한 거니까 신고 진행은 세금계산서 기준으로 생각해 주시는 게 맞습니다.

번거롭긴 하지요... 매번 체크해서 변경해주셔야 되니까;;;
제가 업무할때 했던 방법은 해당 거래처를 부가세 신고 전 검토할때
엑셀로 자동 분류 되도록 미리 설정해둡니다.
예) vlooup이나 이런....
수식이나 서식이 번거로우시면 리스트를 관리하시면 어떨까요?
회사에서 불공제 처리되는 거래처나 내역 등을 리스트화 해서 관리하시고
자료화하는 것도 권해드립니다 :)

캡틴님 답변 감사합니다 :) 혹시 이런 방법도 괜찮을까요? 세금계산서 발행이 되지 않아도 세금신고에 무리가 없다면 사무실 보안서비스료(캡스) 및 안마의자 렌탈비 업체로 전화하여 세금계산서 발행을 하지 않도록 하는 방법에 대해서요!
이 부분이 번거로운점도 있지만 그것보다 검토 시 누락되는 경우도 있기 때문에 사전에 예방(?) 가능한 부분이라면 그렇게 정리해놓고 싶어서요!

오..chol님 지금 말씀하신 내용에서 중요한건 카드가 아니라 계산서예요.
청구된 세금계산서(증빙)이 있고 '카드'는 단순히 결제 수단이라고 생각하셔야 합니다.

번거로우시다면 결제 방법을 변경하시는게 맞지 않을까 싶습니다^^

앗 캡틴님.. 그렇다면... 정수기 렌탈비의 경우 매달 법인카드로 결제되고 있는데 해당 비용은 세금계산서 발행이 되지 않고 있습니다.. 그러면 세금계산서 발행을 요청해야하는건가요.....?

원칙상으로 발행되는게 맞는데, 업체에 확인해보시는게 제일 정확할꺼예요. 가능한 결제되는 내역에 대해서 자동이체 나가는 경비는 세금 계산서가 발행되어야 합니다^~^

아하 캡틴님 자동이체 나가는 경비는 세금계산서 발행이 전부 되고 있어요~!
제가 문의 드린 부분은 법인카드로 결제가 되고있는 비용이었어요 :)
사무실 보안서비스료(캡스) 및 안마의자 렌탈비, 정수기 렌탈비 모두 법인카드로 납부중입니다.
이런경우 세금계산서도 발행이 되어야 하는건지 아니면 무관한건지 문의 드립니다!

제가 이체라고 해서 ㅎ 자동결제되는 것도 세금계산서가 필요하지요~~ 최초 댓글에서 언급드렸지만 예금이나 카드는 결제되는 수단입니다.
수단 중심으로 정리해서 차변 수수료 대변 보통예금으로 관리하실지
근거인 세금계산서를 중심으로 차변 수수료 대변 미지급금 법인카드 결제후 미지급반제 처리 하실지 관리를 한쪽으로 정해서 대응하시는게 좋고요!!
법인카드내역과 세금계산서가 중복인 상황은 세무사무소에 자료 공유시 언급해주시는 포인트만 잊지않아 주시면 좋을꺼 같습니다.