rhdwn2637님 안녕하세요 :D
캡틴 김현주입니다.

세금계산서 잘못 발급 후 수정 신고에 대해 질문해주셨는데요.

혹시 법인세 신고까지 모두 마감된 후 수정이 발생된 상황이실까요?
rhdwn2637님께 도움을 드리기 위해 제가 상황을 자세히 파악하는 것이 좋을 것 같습니다.
따라서, 조금 더 구체적으로 기재해주시면 감사하겠습니다.

ex.
1. 0000년 0월 매출 세금계산서 발급
2. 부가가치세 신고 및 납부 완료
3. 0000년 귀속 법인세 신고 및 납부 완료
4. 0000년 0월 세금계산서가 잘못 발급된 사실 인지

24년 12월 매출 세금계산서로 잘못 발급한 경우입니다.
2024년 귀속 법인세 신고 및 납부 완료했습니다
잘못 발행됐다는걸 지금 알아서 수정할려고 합니다

rhdwn2637님 안녕하세요 :D
캡틴 김현주입니다.

법인세 신고까지 모두 완료된 후 수정 사항이 발생되셨군요.
아래와 같이 답변드립니다.

1. 세금계산서 수정 발급
- 먼저 세금계산서 수정 발급과 계산서 발급을 진행해주시면 되겠습니다.
- a. 당초 발급분을 '착오에 의한 이중발급'을 사유로 하여 (-)세금계산서 발급
- b. 면세 계산서 발급

2. 2024.2기확정 부가가치세 경정청구
- 당초 납부하셨던 매출에 대한 부가가치세를 환급 받으셔야 하기 때문에 경정청구서를 작성하시면 되겠습니다.
- 다만, 주의하실 점이 3가지 있습니다.
- a. 거래상대방 입장에서는 매입세액이 감소하는 수정신고를 하셔야 하기 때문에 세금계산서를 수정하시기 전에 이에 대한 내용을 전달하셔야 합니다.
- b. 발급기한이 지난 후 면세 계산서가 발급되기 때문에 이에 대한 미발급가산세 2%를 붙여서 신고하셔야 합니다.
- c. 당초 부가가치세 확정 신고 시 매입세액 공제를 받으신 부분이 있으신지 확인하셔야 합니다.
- 왜냐하면 과세 매출이 아닌 면세 매출로의 수정이기 때문에 다른 과세 매출이 없으시다면 매입 또한 면세 사업 관련 매입으로 불공 대상이기 때문입니다.
- 만약 매입세액 공제를 받으신 부분이 있으시다면 이에 대한 수정(공제받지 못할 매입세액)도 함께 해주시면 되겠습니다.

3. 2024년 귀속 법인세
- 만약 매출액은 변동이 없고, 단순히 증빙 발급 수단만 세금계산서에서 계산서로 수정되는 경우라면 이로 인해 발생하는 법인세 수정 사항은 없으실 것으로 판단됩니다.
- 이유는 아래와 같습니다.
- a. 법인세 신고 기한이 지나면 재무제표는 수정할 수 없습니다.
- b. 매출액 변동이 없기 때문에 손익에 영향이 없습니다.
- c. 경정청구 후 부가세예수금을 환급 받게 되시면 이를 다시 거래 상대상에게 지불(환불)하시면 되겠습니다.

- 혹시라도 면세 매출 대금 100만원을 부가세 포함으로 보고 공급가액 909,090원 부가세 90,910원으로 세금계산서 발급을 하셨다면 이 경우에는 매출액(손익)이 달라지기 때문에 법인세도 수정하셔야 합니다.

법인세 신고까지 모두 완료된 후 수정이 발생되어 복잡하실텐데요.
아무쪼록 단계별로 차근차근 처리하시면 좋겠습니다.
감사합니다.